SmilesをInChiにコンバートしたい

perl

SMILESだと構造の一意性が保証されず、重複が出てしまったりと何かと不便なところがありますが、InChiではそのようなことがないのです。

openbabelに同梱されているperlバインディングを利用すれば、InChiの入出力ができます。

use Chemistry::OpenBabel;

my $obMol = new Chemistry::OpenBabel::OBMol;
my $obConversion = new Chemistry::OpenBabel::OBConversion;
$obConversion->SetInAndOutFormats("smi", "inchi");
$obConversion->ReadString($obMol, "C1=CC=CS1");
my $outInChi = $obConversion->WriteString($obMol);

print $outInChi;