perlでもOASAライブラリを利用して構造描画したい

Inline::Pythonというモジュールを使うとPythonのコードをperlに埋め込むことができます。

use Inline Python => <<'END';
import pybel
def draw_png(smiles,file):
    mymol = pybel.readstring('smi',smiles)
    mymol.draw(filename=file, show=False)
END

draw_png("CCCc1ccccc1OC","sample.png");

Inline系のモジュールは色々あります。参考までにInline::JavaでCDKなどを使った例もあげておきます。

Structure-CDKの絵は奇麗なので気に入っていますが、もっとこうアートな感じの描画ライブラリがあってもいいのになとは思います。