現在の創薬シーンにおいてはフラグメントベースのドラッグデザイン(FBDD)やそれをcomputational的に行うのは主流に近いと思います。 ランダムに結合を切る方法としてhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16995724というのがあるのでopenbabelを使って簡単に…

化合物の物性などを予測する時には、イオン化の状態を揃えて中性にしたり脱塩して、単一の化合物にするというルーチンワークが必須です。openbabelにはそのためのメソッドとしてStripSaltというものが用意されています。例として以下の化合物の脱塩をしてみ…