forcefieldを用いた構造最適化の限界は、特に芳香環での部分電荷なんかに顕著に現れます。そのため、必要最低限の量子化学計算のスキルはケミストには必須だと思います。しかし、量子化学計算ソフトウェアは歴史的経緯からか、ライトユーザーにとってはどう…

MORPHというアロマティックなヘテロ環を探索するツールの論文があります。結局、総当りで探していってバリデータで確認すればいいっぽいので、単環で探すようなものを書いてみました。戦略としては単純で、まず総当りで評価するSMILES Stringを生成します。…

サブストラクチャーサーチで集めたライブラリや、テンプレート構造を使って作ったバーチャルライブラリ群のプロパティを分析ししたいときに、テンプレート構造やサーチクエリに使った構造は要らない（むしろ邪魔）ことが多いと思います。そういう場合プロパ…

MCSは最大共通部分構造なので、頻度よく現れる部分構造を探したいときにはちょっと適切ではないのでGASTONを使うと良いのですが、GASTONは一般的なグラフに対して検索するようになっているので、化合物のデータはGASTONのファイル形式に変換してから計算を実…