PerlMolにはRing::Findというモジュールがあって、環のサーチをしてくれるのですが、返ってくるものが、アトムとボンドのIDの詰め合わせなのでちょっとあれです。本来ならば、見つかったリングの部分構造の分子オブジェクトのリストが返ってくると嬉しい場合…

openbabelのFP4フィンガープリントは部分構造由来のビット列なので、どのパターンに由来するビットが立っているのか知りたいときがよくあります。(MACCSなんかも同様に)pybelを使えば簡単にサーチできるようです。 import pybel def readsmartsfile(filename…

openbabelではxhオプションをつけることでフィンガープリントを16進表記で書き出すことができます。 babel -ismi test.smi -ofpt test.fpt -xh -xfFP2 less test.fpt >test1 18 bits set 00002000 00000000 00000100 00010200 00000000 00000000 00000000 00…

molblasterのように構造をランダムに切断するのではなくて、もう少し合成を考慮した方法としてRECAPルールが使えます。ルールは全部で11あります。RECAPを簡単に使える方法がなかったので、Chemistry::RECAPというPerlのモジュールを作ってみました。PerlMol…