2009-09-01から1ヶ月間の記事一覧

fingerprintの由来を知りたい

openbabelのFP4フィンガープリントは部分構造由来のビット列なので、どのパターンに由来するビットが立っているのか知りたいときがよくあります。(MACCSなんかも同様に)pybelを使えば簡単にサーチできるようです。 import pybel def readsmartsfile(filename…

openbabelのfingerprintをビット列にする

openbabelではxhオプションをつけることでフィンガープリントを16進表記で書き出すことができます。 babel -ismi test.smi -ofpt test.fpt -xh -xfFP2 less test.fpt >test1 18 bits set 00002000 00000000 00000100 00010200 00000000 00000000 00000000 00…