Inline::Pythonというモジュールを使うとPythonのコードをperlに埋め込むことができます。 use Inline Python => <<'END'; import pybel def draw_png(smiles,file): mymol = pybel.readstring('smi',smiles) mymol.draw(filename=file, show=False) END dra…

InChiKeyはInChiを固定長の文字列(25文字)で表現したもので、化合物表現ではなく単なるハッシュ値が欲しい時に便利です。特に、化合物の大きさによらず固定長の文字列となるので見た目にもよろしいです。openbabelモジュールを利用する場合には'K'オプション…

pybelには簡単に構造描画をするためのメソッドが用意されています。ただし、このメソッドを使うためにはPILとOASAの2つのライブラリが必要なので別途インストールしておきましょう。 import pybel mymol = pybel.readstring('smi','CCOC(=O)C1=C(NC(=C(C1C2=…

pybelはopenbabelのpythonラッパーをもっとpythonらしく書けるようにしたラッパー関数群です。openbabel-2.2.0に付属しているpybelはmake3Dというメソッドが利用できるのでこれを使うとopenbabelラッパーより見通しのよいコードの記述ができます import pybe…

openbabel-2.2.0のpythonバインディングはOBBuilderを呼べないのでラッパーを使います。OBOp.FindType('Gen3D')がそれです。 import openbabel obConversion = openbabel.OBConversion() obConversion.SetInAndOutFormats("smi", "mdl") mol = openbabel.OBM…

SMILESだと構造の一意性が保証されず、重複が出てしまったりと何かと不便なところがありますが、InChiではそのようなことがないのです。openbabelに同梱されているperlバインディングを利用すれば、InChiの入出力ができます。 use Chemistry::OpenBabel; my …