pybelはopenbabelのpythonラッパーをもっとpythonらしく書けるようにしたラッパー関数群です。
openbabel-2.2.0に付属しているpybelはmake3Dというメソッドが利用できるのでこれを使うとopenbabelラッパーより見通しのよいコードの記述ができます
import pybel
mymol = pybel.readstring("smi", "COC=CC")
mymol.make3D()
output = pybel.Outputfile("sdf", "comp3d.sdf")
output.write(mymol)
