PerlMolにはRing::Findというモジュールがあって、環のサーチをしてくれるのですが、返ってくるものが、アトムとボンドのIDの詰め合わせなのでちょっとあれです。本来ならば、見つかったリングの部分構造の分子オブジェクトのリストが返ってくると嬉しい場合…

Inline::Pythonというモジュールを使うとPythonのコードをperlに埋め込むことができます。 use Inline Python => <<'END'; import pybel def draw_png(smiles,file): mymol = pybel.readstring('smi',smiles) mymol.draw(filename=file, show=False) END dra…

SMILESだと構造の一意性が保証されず、重複が出てしまったりと何かと不便なところがありますが、InChiではそのようなことがないのです。openbabelに同梱されているperlバインディングを利用すれば、InChiの入出力ができます。 use Chemistry::OpenBabel; my …